この地方にキリスト教の信仰が芽生えたのはいつごろかわからないが、1560年代には筑後地方での代表的なキリシタン集団が生まれたと伝えられている。
1587年の豊臣秀吉によるキリシタン禁令、また1614年発布の徳川家康による全国的なキリシタン禁令に基づく弾圧の嵐は、1630年代、特に1638年の｢島原の乱」が終わった年からこの地方にも吹き荒れた。しかし、多くの信徒がかくれて信仰を守った。
1867年2月26日、浦上の4名の信徒により今村の潜伏信徒が発見され、浦上の信徒とひそかに交流を保ちながら信仰を守り通した。キリスト教が解禁されたのは1873（明治６）年である。
1897年(明治12）年フランス人宣教師ジャン･マリー・コール師がはじめて今村の信徒の司牧に着任し、青木才八家の土蔵を教会代わりに使用した。後継のソーレ師により1881(明治14）年に信徒たちが敬愛した殉教者ジョアン叉右衛門の墓が建立された。
2つの塔を持つロマネスク風様式赤レンガ造りの現教会堂は1908（明治41）年に本田保神父により計画され、諸外国、特にドイツの信者からの寄付、信徒たちの労働奉仕のうえ1913(大正２）年に完成した。設計･施工は当時長崎で多くの教会建築を手掛けた鉄川与助である。
国内に残るレンガ造りの境界としては貴重な存在である。
軟弱な地盤のため基礎工事には技術・コスト面で困難を極めたといわれる。ステンドグラスはフランス製、柱は高良山の杉、瓦は城島町の｢荒巻」という工場で製作したもの、レンガは神崎市（旧千代田町）迎島の五工場に特注したもの、石材は主に浮羽市山北産、内部に掲げられてあるキリスト受難の14枚の聖絵はフランス製である。外部・内部とも建設当初の状態が保たれ、明治後期から大正初期に建設された教会堂建築の様子を知ることができる。
